种属不同：芥菜属于芸薹族、芸薹属、芥菜种，荠菜属于独行菜族、荠属、荠种。
外观不同：芥菜的叶片柄具有小裂片，茎下部叶片较小，边缘有缺刻，茎上部有披针形叶片，边缘有不明显的疏齿，荠菜茎直立，基生叶丛生呈莲座状，茎生叶呈披针形，总状花序顶生及腋生。
用途不同：芥菜的叶片可食用，种子可作为调味料，荠菜的茎叶可食用，种子可用来制作肥皂。
一、种属不同
1、芥菜：属于芸薹族、芸薹属、芥菜种，是一年生草本植物。
2、荠菜：属于独行菜族、荠属、荠种，是一年生或二年生草本植物。
二、外观不同
1、芥菜：茎直立，叶片柄具有小裂片，茎下部的叶片较小，边缘有缺刻或锯齿，茎上部的叶片为披针形，边缘具有不明显的疏齿。
2、荠菜：茎直立，基生叶丛生呈莲座状，叶柄长5-40毫米左右，茎生叶呈披针形或窄披针形，总状花序顶生及腋生，花瓣为白色，萼片呈长圆形。
三、用途不同
1、芥菜：全株均可入药，叶片可食用，种子可榨油或作为调味料。
2、荠菜：全株均可入药，茎叶可作为蔬菜食用，种子可用来制作油漆、肥皂。
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