防治小麦叶锈病主要采用药剂防治和农业防治等综合防治的措施。
药剂防治：可用粉锈宁、种子量0.2%的3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂、种子量0.06%的6%戊唑醇悬浮种衣剂拌种包衣，发病初期可喷施20%三唑酮乳油1000倍液，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂2000倍液，或者用粉锈宁1000倍液防治。
农业防治：选育推广抗病良种、田间精耕细作、合理密植、适量适时追肥等。
一、药剂防治
1、拌种处理：种植前用粉锈宁拌种，控制秋苗发病，减少越冬菌源数量，推迟春季小麦叶锈病流行。也可以用种子量0.2%的3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂，或种子量0.06%的6%戊唑醇悬浮种衣剂拌种包衣。
2、发病初期：喷施20%三唑酮乳油1000倍液，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂2000倍液，每10-20天喷1次，防治1-2次。也可以用粉锈宁1000倍液防治，每10-20天喷1次，连喷2-3次防治效果较好。
二、农业防治
1、因地制宜，选育推广抗（耐）病良种
（1）合理搭配和轮换种植多个品种，避免单一品种长期大面积种植，以延缓和防止因病菌新生理小种的出现而造成品种抗病性的退化。
（2）近年新育成的抗叶锈冬小麦品种有京冬1号、8号以及京核3号、京411、北农白、皖麦26、27、28号等；春小麦品种有垦九5号、龙麦23号、龙辐麦7号、蒙麦30号、京引1号、陇春8139、定丰3号等。
2、加强栽培防病措施
（1）田间精耕细作，消灭杂草和自生麦苗，控制越夏菌源。收获后及时翻耕灭茬，消灭当地越夏菌源。
（2）在秋苗易发生小麦叶锈病的地区，应适当晚播，可有效减轻秋苗发病，减少越冬菌源。
（3）合理密植，提高根系活力，适量适时追肥，避免过多过迟施用氮肥。
（4）小麦叶锈病发生时，南方多雨麦区应开沟排水；北方干旱麦区应及时灌水，可补充因锈菌破坏叶面而蒸腾掉的大量水分，减轻产量损失。
