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1、耕作层变浅
在长期不深耕深松和机械耕作碾压、践踏条件下，耕地土壤耕作层变浅，加之农田土壤的物质能量输出输入不平衡，降雨、灌水沉实，“犁底层”位置上移并加厚，成为坚硬深厚的阻隔层，阻碍土壤水分、养分和空气的上下运行，阻碍作物根系下扎延伸，土壤蓄水减少，抗旱性能下降，土壤养分有效性和作物营养状况恶化。
2、土壤有机质减少
农田土壤的物质能量输出输入不平衡，土壤有机质减少，会引发土壤结构破坏和土壤板结，土壤肥力下降，土壤理化和生物性质恶化，土壤酸化和次生盐碱化，土传病害加剧，土壤净化能力减退等。
3、土壤板结
由于农田土壤的物质能量输出输入不平衡，有机质缺乏，以及不合理的耕作和灌溉，大量施用化肥，土壤酸化，土壤次生盐碱化，破坏了土壤团粒结，致使土壤板结。
4、土壤酸化
由于长期过量使用生理酸性肥料和化学氮肥，土壤中的酸性物质不断增加并积累，土壤出现酸化现象，加速了土壤的贫瘠化，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，土传病害严重发生。
5、土壤次生盐碱化
由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累更甚。这些盐分随土壤水分上行聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，土壤结构破坏，理化生物性质恶化。会响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，甚至造成植物生理干旱，营养障碍、盐害、死亡。甚至失去农业利用价值。
6、土壤营养失调
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