叫法不同：甲基托布津别称甲基硫菌灵，多菌灵别称棉萎灵、苯并咪唑44号。
外观不同：甲基托布津呈无色棱状结晶，不溶于水，多菌灵呈粉末状，不溶于水，微溶于丙酮及有机溶剂。
性质不同：甲基托布津是广谱性内吸低毒杀菌剂，多菌灵是广谱性杀菌剂。
防治对象不同：甲基托布津可防治麦类黑穗病、黄瓜白粉病、苹果轮纹病等病害，多菌灵可防治油菜菌核病、花生立枯病等。
一、叫法不同
1、甲基托布津：也叫甲基硫菌灵。
2、多菌灵：也叫棉萎灵、苯并咪唑44号。
二、外观不同
1、甲基托布津：外观为无色棱状结晶，溶于甲醇、氯仿、丙酮、乙腈，不溶于水，在碱性介质中分解。
2、多菌灵：外观为无味的粉末，不溶于水，微溶于丙酮、氯仿和其他有机溶剂。
三、性质不同
1、甲基托布津：属于广谱性内吸低毒杀菌剂，具有内吸、预防、治疗效果。
2、多菌灵：属于广谱性杀菌剂，对多种由真菌（如半知菌、多子囊菌）引起的作物病害具有防治效果。
四、防治对象不同
1、甲基托布津：可防治禾谷类、蔬菜类、果树上的多种病害，比如麦类黑穗病，黄瓜白粉病、炭疽病，苹果轮纹病。
2、多菌灵：可防治稻瘟病、油菜菌核病、花生立枯病、甘薯黑斑病，番茄早疫病等病害。
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