传导方式不同：草甘膦属于内吸传导灭生性除草剂，而草胺膦属于半内吸或者内吸很弱无传导的触杀灭生性除草剂。
除草效果不同：草甘膦一般在使用后7-10天见效，在正常气温下，草胺膦一般3天见效。
除草范围不同：草甘膦对牛筋草、小飞蓬等恶性杂草的防除效果较差，而草胺膦对牛筋草和小飞蓬的防除效果较好。
一、传导方式不同
1、草甘膦：属于内吸传导灭生性除草剂。
2、草胺膦：属于半内吸或内吸很弱无传导的触杀灭生性除草剂。
二、除草效果不同
1、草甘膦：使用后一般7-10天见效。
2、草胺膦：在正常的气温下，一般3天见效。
三、除草范围不同
1、草甘膦：对160多种杂草有防除作用，比如单子叶、双子叶、一年生、多年生等杂草，但它对于牛筋草、小飞蓬等恶性杂草的防除效果不理想。而且不能用在浅根或根系暴露在外的作物上，比如香菜、胡椒、葡萄、木瓜等。
2、草胺膦：一般可快速杀死100种以上的禾本科和阔叶杂草，尤其是对草甘膦产生耐受性的部分恶性杂草，比如牛筋草、马齿笕、小飞蓬等杂草。通常可用在所有作物上，只要不喷在作物上即可。
四、安全性能不同
1、草甘膦：一般在产生药效后的15-25天才能播种移栽，防止出现药害。使用草甘膦不当时，易导致土壤中缺乏微量元素，从而形成缺素症，长期使用，易导致果树黄化。而且在用来防除田埂或果园杂草时，易出现漂移药害。
2、草胺膦：草胺膦一般在2-4天后就可播种移栽，该药剂具有低毒、安全、快速、环保等特点，一般对土壤、作物根系和后茬作物无影响，而且持效期长，对作物安全，不易漂移。
五、作用方式不同
1、草甘膦：草甘膦属于内吸传导型广谱灭生性有机磷类除草剂，主要通过抑制植物体内的烯醇丙酮基莽草素磷酸合成酶，从而抑制莽草素向苯丙氨酸、酪氨酸及色氨酸转化，对蛋白质的合成造成一定的干扰，使杂草死亡。
2、草胺膦：草胺膦属于膦酸类非选择性传导型除草剂，一般会抑制谷氨酸合成酶，使植物体内氮的代谢发生紊乱，叶绿体解体，杂草进行光合作用受抑制，最终导致死亡。
