基本释义不同：萌芽是指草木初生发芽，发芽是指种子的胚胎发育长大。
植物学解释不同：萌芽在植物学上是指根茎、枝条经过休眠后开始萌动，发芽在植物学上是指种子萌发，种子破土后叫做幼苗。
一、基本释义不同
1、萌芽：是指草木初生发芽，也可以比喻事物的开端。
2、发芽：是指种子的胚胎发育长大，突破种皮而出。
二、植物学解释不同
1、萌芽：在植物学上是指植物的根茎、枝条经过休眠后开始萌动，即从原来就具有叶芽、花芽和生长点的地方开始萌发。
2、发芽：在植物学上是指种子萌发，种子通常只有1个生长点，破土后称为幼苗。
三、引证来源不同
1、萌芽：《汉书·东方朔传》：“甘露既降，朱草萌牙”。
2、发芽：《东京梦华录·潘楼东街巷》：“东曲首向北墙畔单将军庙，乃单雄信墓也，上有枣树，世传乃枣槊发芽生长成树”。
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